在现代航空运输系统中，保护飞行控制系统的安全架构至关重要。飞行控制系统是航空器的核心，负责控制飞行、导航和通信等关键功能，因此必须采取有效的安全措施来确保其安全性。

1. 实施物理安全

物理安全措施是保护飞行控制系统的首要任务。这包括限制访问飞行控制系统的物理区域，并确保只有经过授权的人员才能进入。另外，实施严格的访问控制和身份验证机制，例如使用智能卡或生物识别技术。

2. 网络安全

建立安全的网络架构和安全策略对于保护飞行控制系统至关重要。这包括使用防火墙、入侵检测系统和入侵防御系统等技术来防止未经授权的网络访问和攻击。同时，定期进行网络安全漏洞扫描和渗透测试，以确保系统的安全性。

3. 数据加密

飞行控制系统处理的数据非常重要，包括导航数据、航班计划和机组通信等。因此，使用强大的加密算法对这些数据进行加密是必不可少的。确保数据在传输和存储过程中都得到了保护。

4. 应急响应

建立健全的应急响应计划是保护飞行控制系统的关键。这包括制定清晰的安全追踪和事件响应流程，并定期进行模拟演练以确保响应的灵敏性和有效性。及时检测和应对安全威胁是保持系统安全的关键。

5. 员工培训与意识提高

重视员工的安全培训和意识提高是保护飞行控制系统的基础。员工应该接受定期的网络安全培训，了解最新的威胁和攻击技术，并掌握正确的安全操作方法。提高员工的安全意识和警惕性可以减少由于人为疏忽导致的安全漏洞。

总的来说，保护航空运输系统的飞行控制系统需要综合使用物理安全、网络安全、数据加密、应急响应和员工培训等多种手段。只有全面加强安全措施，才能确保飞行控制系统的安全性和可靠性。